Peran pemerintah Kota Batam mengurus segala administrasi kependudukan dan pencatatan sipil maupun Sumber Daya Manusia. Pada tanggal 5 Januari 2011, diselenggarakan pemilihan wali kota dan wakil wali kota Batam. Melalui proses yang tertib dan aman terpilih dan ditetapkan Ahmad Dahlan dan Muhammad Rudi sebagai Wali Kota dan Wakil Wali Kota Batam periode 2011–2016. Saat ini Wali Kota Batam dijabat oleh Muhammad Rudi untuk periode 2016–2021, didampingi oleh Amsakar Ahmad sebagai Wakil Wali Kota Batam.
Profil Wali Kota Batam Periode 2016–2021
Nama Wali Kota: H. Muhammad Rudi, SE, MM
Mulai Jabatan: 14 Maret 2016
Kediaman/alamat: Rumah Dinas Wali kota Batam, Tanjung Pinggir, Sekupang
Masa jabatan: Lima tahun
Wakil Wali kota : Amsakar Achmad
Muhammad Rudi, atau yang lebih dikenal dengan Rudi SE adalah Wali kota Batam ke-3 yang menjabat sejak 14 Maret 2016, dan mantan Wakil Wali kota Batam ke-3 yang menjabat sejak 1 Maret 2011- 1 Maret 2016 setelah Ria Saptarika.
Riwayat Jabatan
– Kepala Samsat Kota Batam
– Wakil Wali kota Batam (2011-2016)
– Wali kota Batam (2016-2021)
Riwayat Organisasi
– Kepala KONI Batam
– Ketua DPC Partai Demokrat Kota Batam
– Sekretaris DPW Partai Nasdem Kepulauan Riau (2016-sekarang)
Pemerintahan
Kota Batam memiliki dua macam pemerintahan yaitu Pemerintah Kota dan Badan Pengusahaan.
Pengertian Wali Kota
Di Indonesia, Wali Kota adalah Kepala Daerah untuk daerah Kota atau Kota madya. Seorang Wali Kota sejajar dengan Bupati, yakni Kepala Daerah untuk daerah Kabupaten. Pada dasarnya, Wali Kota memiliki tugas dan wewenang memimpin penyelenggaraan daerah berdasarkan kebijakan yang ditetapkan bersama DPRD Kota. Wali kota dipilih dalam satu paket pasangan dengan Wakil Wali Kota melalui Pilkada.
Berikut adalah Daftar Wali kota Batam dari masa ke masa:
| No | Wali Kota Administratif | Mulai Jabatan | Akhir Jabatan | Prd. | Wakil Wali kota | |
| 1 | Usman Draman | 1989 | 1 | — | ||
| 24 Desember 1983 | ||||||
| 2 | Radja Abdul Aziz | 1989 | 1999 | 2 | ||
| 3 | ||||||
| No | Wali Kota | Mulai Jabatan | Akhir Jabatan | Prd. | Wakil Wali kota | |
| — | Nazief Soesila Dharma | 1999 | 2001 | — | ||
| (Penjabat) | ||||||
| 1 | Nyat Kadir | 2001 | 2005 | 4 | Asman Abnur | |
| — | Manan Sasmita | 2005 | 1 Maret 2006 | — | — | |
| (Penjabat) | ||||||
| 2 | Ahmad Dahlan | 1 Maret 2011 | 5 | Ria Saptarika | ||
| 1 Maret 2006 | ||||||
| 1 Maret 2011 | 1 Maret 2016 | 6 | Muhammad Rudi | |||
| — | Agussahiman | 1 Maret 2016 | 14 Maret 2016 | — | — | |
| (Pelaksana Harian) | ||||||
| 3 | Muhammad Rudi | 14 Maret 2016 | Petahana | 7 | Amsakar Achmad | |